KSeF w JST – czy i kto jest zwolniony? Wyjaśniamy

2026-03-18

Krajowy System e-Faktur (KSeF) oznacza rewolucję nie tylko w życiu przedsiębiorców, ale również dla jednostek samorządu terytorialnego (JST) oraz podległych im podmiotów. Elektroniczne fakturowanie stanie się wkrótce obowiązkowe dla wszystkich jednostek sektora publicznego. KSeF w JST – od kiedy przepisy wejdą w życie? Czy przewidziano zwolnienia?

KSeF w JST – jakie są zasady i od kiedy obowiązuje?

Jednostki samorządu terytorialnego będą objęte obowiązkiem korzystania z KSeF przy wystawianiu i odbieraniu faktur. Od 2022 r. można już testować działanie systemu.

Zgodnie z harmonogramem Ministerstwa Finansów:

• od 1 lutego 2026 r. KSeF zacznie obowiązywać duże podmioty o obrotach powyżej 200 mln zł rocznie (jeżeli instytucja JST przekroczy dany limit również będzie zobowiązana wystawiać faktury w KSeF od danego okresu),
• od 1 kwietnia 2026 r. – wszystkich pozostałych podatników, w tym pozostałe JST i jednostki im podległe.

Wdrożenie KSeF w JST – wyzwania

Wdrożenie KSeF w JST może stanowić duże wyzwanie. Jednostki te mają rozbudowaną strukturę organizacyjną – w ramach jednego podmiotu występuje czasem kilkadziesiąt podległych jednostek. Przykładowo, pod urząd gminy mogą podlegać zlokalizowane na jej terenie szkoły, przedszkola, przychodnie, szpitale, ośrodki kultury i sportu, ośrodki pomocy społecznej, przedsiębiorstwa komunalne.

Wszystkie jednostki funkcjonują w ramach jednej, złożonej struktury. Wdrożenie KSeF w JST może być bardziej skomplikowane niż w jednoosobowej firmie lub nawet w większym przedsiębiorstwie. Wdrożenie KSeF w JST wymaga:

• nadania odpowiednich uprawnień poszczególnym jednostkom,
• przeszkolenia pracowników w zakresie obsługi systemu,
• integracji systemów finansowo-księgowych z KSeF,
• opracowania procedur wewnętrznych (np. zasad akceptacji faktur i obiegu dokumentów).

Przykład:

Urząd gminy może upoważnić dyrektorów szkół i kierowników jednostek do wystawiania faktur w KSeF, ale jednocześnie zastrzec, że faktury zakupowe będą trafiały do centralnego działu księgowości w urzędu – co wymaga odpowiedniego skonfigurowania dostępu w systemie.

KSeF dla JST – funkcje systemu

Co w praktyce oznacza korzystanie z KSeF w JST? Krajowy System e-Faktur umożliwia:

• wystawianie faktur ustrukturyzowanych w jednolitym formacie XML – według określonego wzoru,
• automatyczne przesyłanie faktur do KSeF,
• nadawanie fakturom unikalnego numeru identyfikującego,
• przeglądanie otrzymanych i wystawionych dokumentów,
• odbieranie UPO,
• archiwizację dokumentów.

KSeF eliminuje papierowy i mailowy obieg faktur, a JST zyskują centralny rejestr wszystkich dokumentów.

Przykład:

Urząd miejski wystawia fakturę dla firmy sprzątającej – faktura zostaje wygenerowana w formacie XML, przesłana do KSeF, otrzymuje numer identyfikujący — firma sprzątająca może ją odczytać w systemie (lub za pośrednictwem zintegrowanego oprogramowania księgowego). Dzięki temu urząd ma centralny dostęp do wszystkich faktur zakupowych i sprzedażowych.

KSeF w JST – uprawnienia do korzystania z systemu przez podległe jednostki

Jednostka samorządu terytorialnego posiada pełen zakres uprawnień właścicielskich na koncie w KSeF i może nadawać określone uprawnienia jednostkom podrzędnym – dzięki temu każda z nich może zyskać dostęp do systemu.

W schemacie FA(3), który będzie obowiązkowy od 2026 r., dane jednostki podrzędnej wprowadza się w sekcji „Podmiot3”. Pozwala to jednoznacznie przypisać fakturę do konkretnej jednostki samorządowej.

Oczywiście nadanie uprawnień w KSeF nie zastępuje procedur obiegu dokumentów. Faktury wciąż muszą przejść kontrolę merytoryczną, formalną i rachunkową w ramach danej jednostki, a następnie – w miarę potrzeb – zostać zaakceptowane przez jednostkę nadrzędną.

KSeF w JST – kto jest zwolniony z jego obowiązkowego stosowania?

Krajowy System e-Faktur będzie obowiązkowy dla wszystkich jednostek samorządu terytorialnego. Ministerstwo Finansów nie przewiduje zwolnień w tym zakresie. Obowiązek korzystania z KSeF obejmuje wszystkie podmioty publiczne, które wystawiają faktury VAT, również te korzystające ze zwolnienia podmiotowego.

Dodatkowe ułatwienia przewidziano tylko dla mikroprzedsiębiorców o niskich obrotach do 10 tysięcy złotych miesięcznie – do końca 2026 r. mogą oni stosować faktury tradycyjne. Rozwiązanie to jednak nie dotyczy JST.

Od kiedy KSeF w JST? Zmiany i terminy

Wprowadzenie KSeF pociąga za sobą wiele zmian organizacyjnych i prawnych – również w jednostkach samorządowych i podległych im jednostkach.

• Moment otrzymania faktury: w KSeF faktura uznawana jest za doręczoną w momencie nadania przez system numeru identyfikującego (inna zasada obowiązuje w stuacji wystawiania faktury w trybie offline). Oznacza to, że termin płatności liczony „od otrzymania faktury” biegnie od tej daty – JST musi monitorować konto w systemie.
• Archiwizacja dokumentów: faktury przechowywane są automatycznie przez 10 lat, co zdejmuje z urzędów obowiązek prowadzenia tradycyjnych archiwów.
• Integracja z systemami finansowo-księgowymi: jednostki powinny upewnić się, że ich oprogramowanie jest kompatybilne z KSeF 2.0 i obsługuje format FA(3).
• Obieg dokumentów: wdrożenie wymaga opracowania nowych procedur akceptacji faktur i nadzoru nad ich obiegiem w strukturze JST.

Przykład:

Jeżeli gmina zawiera umowę z firmą informatyczną, która wystawia fakturę przez KSeF, termin płatności biegnie od chwili nadania numeru w systemie. Urząd powinien więc regularnie sprawdzać konto KSeF, aby uniknąć opóźnień w płatnościach.

Jak przygotować JST do pracy w KSeF?

Aby uniknąć problemów w momencie wejścia przepisów w życie, JST powinny przygotować się do wdrożenia systemu. Ważne jest także wykonanie audytu systemów księgowych i przeprowadzenie szkoleń dla pracowników. Żeby praca przebiegała płynnie, warto już teraz rozpocząć testy w środowisku pilotażowym KSeF.

---

Zespół Ekspertów ING Księgowość